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Por otro lado, de acuerdo con la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES) este animal se encuentra listado en el Apéndice I, el cual incluye a todas las especies en peligro de extinción, y de las cuales existe prohibición absoluta de comercio internacional. El Grupo de Especialistas en Mamíferos del Ecuador las considera como una especie en peligro crítico de extinción a nivel nacional, es decir, que enfrenta un riesgo extremadamente alto de desaparecer en un futuro inmediato. Este extremo grado de amenaza lo comparte únicamente con el manatí amazónico, siendo las dos especies de mamíferos más amenazados en el Ecuador.

La actual condición de amenaza de las nutrias gigantes, se debe entre otros factores a una intensa cacería y comercio de pieles llevado a cabo desde mediados de los años 40 hasta mediados de los 80. Entre 1960 y 1967 se exportaron desde el Brasil 40.000 pieles de nutrias gigantes; sólo el estado brasileño del Amazonas produjo 7.510 pieles entre 1950 y 1965; entre 1946 y 1973 se exportaron desde el Perú 24.000 pieles, y solo en 1965 se exportaron 1.032 pieles desde la Amazonía colombiana. Esta información corresponde a datos oficiales sobre el número de pieles exportadas legalmente desde cada uno de estos países, pero para llegar a estas impresionantes cifras de animales comercializados, seguramente fue necesario sacrificar unos cuantos cientos más. Las pieles fueron exportadas principalmente a Estados Unidos y Europa, sobre todo a Italia y Alemania. Por otro lado, no disponemos de información suficiente que permita estimar el número total de pieles que han sido y continúan siendo comercializadas ilegalmente.

En el Ecuador, las nutrias gigantes fueron también objeto de una intensa cacería llevada a cabo desde finales de los años 50 hasta mediados de los 80; desafortunadamente no disponemos de información sobre el número de animales que fueron sacrificados. Sin embargo, es evidente que han desaparecido de algunas zonas de su área de distribución original, especialmente de buena parte de lo que hoy es el territorio de la Reserva Cuyabeno. Las poblaciones de nutrias gigantes parecen no haberse recuperado y solo quedan algunos grupos remanentes en la región central y sur de la Amazonía ecuatoriana. Por otro lado, la contaminación de los ecosistemas acuáticos amazónicos debido a las actividades petroleras, constituye otra de las principales amenazas que enfrenta en la actualidad esta especie en el Ecuador.

El conocimiento de estos animales y de los ecosistemas donde se desarrollan continúa siendo limitado, especialmente en el Ecuador donde apenas hemos empezado a estudiarlos; es prioritario realizar investigaciones que permitan obtener información específica sobre su distribución, abundancia, usos de hábitat y la respuesta de la especie ante los cambios que sufren los ecosistemas acuáticos amazónicos, debido a la creciente presión humana. Si logramos proteger y conservar a las últimas nutrias gigantes también lograremos dar un paso importante hacia la conservación de la Amazonía.